该洁净系统(区)是在食品行业的原料加工、深加工生产的一门洁净技术的应用。生产场所必须符合国家生产企业的卫生标准和各个产品的审查细则以及通则;必须做到工艺合理、设备齐全(对照审查细则);必须建立企业自己的实验制度，并具备实验条件，同时必须有相应的检验设备(对照审查细则)和试剂。食品行业的洁净室，除了控制空气中的微粒外，也对空气环境的微生物控制严格，在技术上防止微生物对食品的交叉污染。其中最具代表性的是无菌包装，食品的无菌包装(如软包装鲜果汁、牛乳、肉制品等等)，就是在洁净环境中完成包装工艺，在保持食品色、香、味、营养等方面大大优于一般的高温杀菌的封装食品。除了无菌包装，空气洁净技术在食品酿造、发酵中也有很高的应用。

　　食品工业洁净室(区)的洁净等级参照医药工业洁净室，但比一般的洁净室要求要高，根据与ISO-14644国标标准接轨的中国国家标准GB-50073有1~9级，原来的100级、1000级、10000级和100000级都是分别由被国际标准ISO-14644标准中的5级、6级、7级和8级所替代，这类洁净室(区)的洁净度等级为1~8级。